Le président est élu à la majorité absolue des membres du Conseil départemental pour une durée de trois ans. Il est le chef de l'exécutif du département, il est seul chargé de son administration. Il met en oeuvre et exécute les décisions prises par le conseil. Ordonnateur des dépenses de la collectivité, il assure notamment la gestion du domaine de la collectivité ainsi que l’attribution de prestations en matière d’aide sociale.
La composition du Conseil départemental et la durée du mandat des conseillers généraux sont régies par les dispositions du chapitre III du titre Ier du livre VI du code électoral (article LO. 6131-2 du CGCT). Il comprend 19 conseillers généraux. Les élections ont lieu tous les trois ans pour un renouvellement de sièges à moitié. Les conseillers généraux sont élus pour six ans au scrutin uninominal majoritaire à deux tours.
Le Conseil départemental est composé de deux institutions délibérantes : la Commission permanente et l’Assemblée plénière.
Chargées d’émettre un avis sur les rapports et projets de délibérations relevant de leur domaine de compétence, les commissions spécialisées peuvent proposer des amendements étudiés le jour de la séance plénière ou de la commission permanente.
Il existe 6 commissions spécialisées :
Le conseil économique et social a pour vocation de conseiller les pouvoirs publics dans l'ensemble des domaines économiques et sociaux. Ce champ d'intervention est appréhendé de façon extensive, puisque le CES apporte également son conseil dans les domaines relevant des champs d'intervention de la collectivité départementale de Mayotte.
Conformément à la loi et à la demande du président du Conseil départemental, ou sur saisine du préfet, le CES émet des avis sur l'ensemble des dossiers intéressant le devenir de Mayotte et relevant des compétences de la collectivité. Ces avis sont transmis, à titre consultatif, et préalablement à la délibération du Conseil départemental, au président du Conseil départemental. Il appartient ensuite aux élus de décider des orientations politiques, économiques et sociales.
Assemblée consultative de la collectivité départementale de Mayotte, le CCEE est chargée de conseiller le Conseil départemental dans le cadre de l'élaboration de la politique culturelle, éducative et environnementale de la collectivité départementale.
Le Conseil départemental est tenu de consulter obligatoirement et préalablement le CCEE lors de la préparation du plan d'aménagement et de développement durable de la collectivité départementale de Mayotte et lors de l'élaboration du projet de budget de la collectivité en ce qui concerne l'éducation, la culture, l'environnement et le tourisme.